種子二維碼追溯系統的應用，可以說從源頭上解決了種子質量安全的問題。就比如當農戶去購買種子的時候就可以通過手機“掃一掃”立刻了解種子的相關資料，加強消費者對種企的信任。

    但從目前的實際推廣中來看，系統還是存在一些問題的。主要體現在以下幾點：
    首先是因為種子二維碼追溯系統成本較高，在農產品種植中，除了那些大型的農產品種植基地有資本應用該系統外，很多小單位是不具備這個經濟能力的。這個時候就只能以村或者以鎮為單位，該村鎮所有的種植者都用一個種子二維碼標簽追溯系統。但是這種方法增加了信息追溯的難度，因為種植者太分散，很難形成生產的標準化和規模化。
    其次是種子二維碼追溯系統中信息的監管問題。因為系統里的所有信息都是農產品種植者自己錄入的，所以如何才能保證這個信息的真實性和準確性。如果沒有成熟的監管系統，消費者對這些信息，是信任農產品還是當作種植者的自賣自夸呢？所以就必須有一個第三方的監管者來對農產品的種植到銷售的整個流程進行監督，這樣才能讓消費者充分信息這個系統。