大多數植物都可用做沼氣池原料，但是核桃葉、白果葉、貓兒眼、黃花蒿（苦蒿）、地綿草、臭椿葉、楸樹葉、泡桐葉、水杉、梧桐葉、苦楝葉、斷腸草、辣蓼子、煙梗等植物，有抑制或殺死沼氣池中發酵細菌的作用，要嚴禁入池。同樣，沼氣池內更不能用農藥、柴油等滅蛆，否則會造成池內長期不產氣。
　　另外，豆餅、花生餅、棉籽餅等在空氣不足的條件下會產生磷化氫，這是一種有毒的氣體，不僅對甲烷細菌不利，而且人、畜接觸后容易發生中毒，更要嚴禁入池。